Μοριακή Μικροβιολογία

Η μοριακή μικροβιολογία παρέχεται για την ανίχνευση ιών, βακτηρίων, μυκήτων, παρασίτων και άλλων μικροοργανισμών όταν υπάρχει υπόνοια μόλυνσης σε προγεννητικό ή μεταγεννητικό επίπεδο. Χρησιμοποιούνται διαφορετικά είδη δείγματος ανάλογα με τον προς ανίχνευση μικροοργανισμό. Εφαρμόζεται απευθείας ανίχνευση του γενετικού υλικού του μικροοργανισμού με αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR) ή ποσοτικής PCR πραγματικού χρόνου (Real-time PCR) και η ευαισθησία των μεθόδων ξεπερνάει σημαντικά την ευαισθησία ανίχνευσης άλλων κλασικών μεθόδων. Τα αποτελέσματα όλων των εξετάσεων της μοριακής μικροβιολογίας εκδίδονται σε 3-5 εργάσιμες ημέρες.

01 Ηπατίτιδα B (HBV)

Η ηπατίτιδα B είναι ιϊκή μόλυνση που μπορεί να οδηγήσει σε χρόνια ή οξεία ηπατίτιδα. Στις περισσότερες περιπτώσεις οι φορείς παραμένουν ασυμπτωματικοί αλλά σε κάποιο ποσοστό των ασθενών εμφανίζονται σοβαρά συμπτώματα όπως κίρρωση ήπατος ή καρκίνος ήπατος1.

Μέθοδος: Για την ανίχνευση και ποσοτικοποίηση του φορτίου εκχυλίζεται ιϊκό DNA και χρησιμοποιείται η τεχνική της ποσοτικής PCR πραγματικού χρόνου (Real-time PCR).

Είδος δείγματος: ορός, πλάσμα

Για την ποσοτικοποίηση του ιϊκού φορτίου σημαντικό ρόλο παίζει ο χρόνος παράδοσης του δείγματος και η σωστή συντήρησή του σε χαμηλή θερμοκρασία. Συνιστάται η φυγοκέντριση του δείγματος αμέσως μετά τη λήψη και η διατήρηση του ορού/πλάσματος στους -20oC μέχρι την αποστολή του. Η αποστολή θα πρέπει να γίνει σε θερμομονωμένο κουτί (φελιζόλ) παρουσία παγοκύστης.

Χρόνος παράδοσης: 3-5 εργάσιμες ημέρες

Βιβλιογραφία:

1. Chang et al. Prevention of Hepatιtιs B; 2015; Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine; doi: 10.1101/cshperspect.a021493

02 Ηπατίτιδα C (HCV)-CGH ISCA 60k

Η ηπατίτιδα C προκαλείται από ιό και οι περισσότεροι ασθενείς με οξεία ηπατίτιδα μπορεί να εμφανίσουν χρόνια μόλυνση η οποία προκαλεί κίρρωση ήπατος καθώς και  ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα1

Μέθοδος: Για την ανίχνευση και ποσοτικοποίηση του φορτίου εκχυλίζεται ιϊκό RNA και χρησιμοποιείται η τεχνική της ποσοτικής PCR πραγματικού χρόνου (Real-time PCR).

Είδος δείγματος: ορός, πλάσμα

Για την ποσοτικοποίηση του ιϊκού φορτίου σημαντικό ρόλο παίζει ο χρόνος παράδοσης του δείγματος και η σωστή συντήρησή του σε χαμηλή θερμοκρασία. Συνιστάται η φυγοκέντριση του δείγματος αμέσως μετά τη λήψη και η διατήρηση του ορού/πλάσματος στους -20oC μέχρι την αποστολή του. Η αποστολή θα πρέπει να γίνει σε θερμομονωμένο κουτί (φελιζόλ) παρουσία παγοκύστης.

Χρόνος παράδοσης: 3-5 εργάσιμες ημέρες

Βιβλιογραφία:

1. Webster et al. Hepatitis C; 2015; doi: 10.1016/S0140-6736(14)62401-6

03 Ερπητοϊοί HSV1 και HSV2

Ο απλός ερπητοϊός 1 σχετίζεται με λοιμώξεις στο στόμα, το πρόσωπο και τον εγκέφαλο ενώ ο απλός ερπητοϊός 2 σχετίζεται με λοιμώξεις στα γεννητικά όργανα1.

Μέθοδος: Για την ανίχνευση των ερπητοϊών 1 και 2 εκχυλίζεται DNA από το δείγμα και αναλύεται με τη μέθοδο NESTED-PCR και RFLP.

Είδος δείγματος: Επίχρισμα, εγκεφαλονωτιαίο υγρό, αμνιακό υγρό

Χρόνος παράδοσης: 3-5 εργάσιμες ημέρες

Βιβλιογραφία:

1. Whitley et al. Herpes simplex virus infections; 2001; The Lancet; 357(9267):1513-1518.

04 Ιός της Ερυθράς

Ο ιός της Ερυθράς είναι ένας RNA ιός ο οποίος μετά από λοίμωξη προκαλεί ερύθημα και λεμφαδενοπάθεια. Τα μικρά παιδιά εμφανίζουν πιο ήπια συμπτώματα και αναρρώνουν ευκολότερα σε σχέση με τους ενήλικες. Λοίμωξη της μητέρας από τον ιό στη διάρκεια της κύησης (μέχρι την 20η εβδομάδα) είναι δυνατό να προκαλέσει συγγενείς και νευροαναπτυξιακές ανωμαλίες στο έμβρυο ενώ μπορεί επίσης να προκαλέσει αυτόματες αποβολές1.

Μέθοδος: Για τον έλεγχο της παρουσίας του ιού της ερυθράς εκχυλίζεται RNA από το δείγμα και πραγματοποιείται ανάστροφη αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης – RT PCR, που ανιχνεύει τη παρουσία RNA του ιού.

Είδος δείγματος: Περιφερικό αίμα σε EDTA, δείγμα ορού αίματος, αμνιακό υγρό

Χρόνος παράδοσης: 3-5 εργάσιμες ημέρες

Βιβλιογραφία: 1. Atreya et al. Rubella virus and birth defects: molecular insights into the viral teratogenesis at the cellular level; 2004; Birth Defects Research: Part A, Clinical and Molecular Teratology; 70(7):431-437.

05 Ιός της γρίπης (influenza A – H1N1)

Ο ιός της γρίπης, influenza A, είναι μονόκλωνος RNA ιός της οικογένειας των ορθοβλεννοϊών που προσβάλλει πτηνά και θηλαστικά. Το στέλεχος H1N1, γνωστό και ως γρίπη των χοίρων, εμφανίστηκε το 2009 και κηρύχτηκε ως πανδημία από την Παγκόσμια Οργάνωση Υγείας1

Μέθοδος: Για τον έλεγχο της παρουσίας του ιού της γρίπης, influenza A και ειδικότερα του στελέχους Η1Ν1, εκχυλίζεται RNA από το δείγμα και πραγματοποιείται ανάστροφη αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης – RT PCR, που ανιχνεύει τη παρουσία RNA του ιού.

Είδος δείγματος: πτύελα, ρινοφαρυγγικό ή στοματοφαρυγγικό επίχρισμα

Χρόνος παράδοσης: 24-48 ώρες

Βιβλιογραφία:

1. Vincent et al. A brief introduction to influenza A virus in swine; 2014; Methods in Molecular Biology; 1161:243-258.

06 Κυτταρομεγαλοϊός (CMV)

Ο κυτταρομεγαλοϊός (CMV) είναι ένας ιός που ανήκει στην οικογένεια των ερπητοϊών και μολύνει το μεγαλύτερο ποσοστό του πληθυσμού αλλά ασυμπτωματικά. Το 0.3-2.3% των εμβρύων θα μολυνθούν κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης από τον κυτταρομεγαλοϊό. Η συγγενής μόλυνση μπορεί να οδηγήσει σε κώφωση και σε άλλα σοβαρά νοσήματα1.

Μέθοδος: Για την ανίχνευση του κυτταρομεγαλοϊού εκχυλίζεται DNA από το δείγμα και αναλύεται με τη μέθοδο NESTED-PCR και RFLP.

Είδος δείγματος: Περιφερικό αίμα σε EDTA, αμνιακό υγρό (μετά της 21η εβδομάδα κύησης), ορός, εγκεφαλονωτιαίο υγρό

Χρόνος παράδοσης: 3-5 εργάσιμες ημέρες

Βιβλιογραφία:

1. Lazzarotto et al. Update on the prevention, diagnosis and management of cytomegalovirus infection during pregnancy; 2011; Clinical microbiology and infection; 17(9):1285-1293.

07 Τοξόπλασμα (Τoxoplasma gondii)

Η μόλυνση από το παράσιτο τοξόπλασμα (Τoxoplasma gondii) στον άνθρωπο είναι συνήθως ασυμπτωματική. Σε ένα μικρό ποσοστό των υγιών ανθρώπων θα παρουσιαστούν συμπτώματα. Παρόλα αυτά, οι ανοσοκατεσταλμένοι ασθενείς εμφανίζουν σοβαρά συμπτώματα στην καρδιά, τους πνεύμονες και τα μάτια. Επιπλέον, η λοίμωξη κυρίως κατά το πρώτο τρίμηνο της εγκυμοσύνης, μπορεί να οδηγήσει σε συγγενή τοξοπλάσμωση του εμβρύου1.

Μέθοδος: Για την ανίχνευση του τοξοπλάσματος εκχυλίζεται DNA από το δείγμα και αναλύεται με τη μέθοδο NESTED-PCR και RFLP.

Είδος δείγματος: Περιφερικό αίμα σε EDTA, αμνιακό υγρό, ορός

Χρόνος παράδοσης: 3-5 εργάσιμες ημέρες

Βιβλιογραφία:

1. Weiss et al. Toxoplasmosis: A history of clinical observations; 2009; International Journal for Parasitology; 39: 895–901.

08 Μυκοβακτηρίδια

Τα Μυκοβακτηρίδια είναι αερόβια  Gram-θετικά παθογόνα βακτήρια. Το Mycobacterium tuberculosis όπως και τα Mycobacterium bovisMycobacterium africanum και Mycobacterium microti, προκαλούν φυματίωση μετά από λοίμωξη του αναπνευστικού συστήματος1.

Μέθοδος: Για τον έλεγχο της παρουσίας μυκοβακτηριδίων και ειδικότερα παρουσία του Mycobacterium tuberculosis πραγματοποιείται αρχικά απομόνωση του DNA του μυκοβακτηριδίου με λυσοζύμη και στη συνέχεια PCR και ανάλυση με melting curve.

Είδος δείγματος: πτύελα, ούρα, πλευριτικό υγρό, ΕΝΥ

Χρόνος παράδοσης: 3-5 εργάσιμες ημέρες

Βιβλιογραφία:

1. Lachnik et al. Rapid-cycle PCR and fluorimetry for detection of mycobacteria; 2002; Journal of Clinical Microbiology; 40(9):3364-3373.

09 Χλαμύδια (Chlamydia Trachomatis)

Τα χλαμύδια (Chlamydia Trachomatis) είναι σεξουαλικώς μεταδιδόμενο νόσημα και οφείλεται σε μόλυνση από βακτήριο. Η μόλυνση μπορεί να προκαλέσει σοβαρά προβλήματα ακόμα και να οδηγήσει σε υπογονιμότητα. Ο έλεγχος για την παρουσία του βακτηρίου κρίνεται πολύ σημαντικός καθώς  το 70% των γυναικών και το 50% των αντρών που έχουν προσβληθεί από το βακτήριο δεν παρουσιάζουν συμπτώματα.

Μέθοδος: Για την ανίχνευση του βακτηρίου εκχυλίζεται DNA από το δείγμα και πραγματοποιείται έλεγχος για την ύπαρξη του βακτηριακού DNA με την τεχνική Real-time PCR.

Είδος δείγματος: Ιστός περιόδου, τραχηλικό επίχρισμα, ουριθρικό επίχρισμα.

Χρόνος παράδοσης: 3-5 εργάσιμες ημέρες

Βιβλιογραφία:

1. Jalal et al. Molecular epidemiology of selected sexually transmitted infections; 2013; International Journal of Molecular Epidemiology and Genetics; 4(3): 167–174.

10 Μυκόπλασμα (Mycoplasma genitalium), Ουρεόπλασμα (Ureaplasma urealyticum)

Το μυκόπλασμα (Mycoplasma genitalium) και το ουρεόπλασμα  (Ureaplasma urealyticum) είναι σεξουαλικώς μεταδιδόμενα νοσήματα και οφείλονται σε μόλυνση από βακτήρια. Η μόλυνση από τα συγκεκριμένα βακτήρια μπορεί να προκαλέσει σοβαρά συμπτώματα και έχει συσχετιστεί με αύξηση της πιθανότητας αποβολής κατά τη διάρκεια της κύησης. 

Μέθοδος: Για την ανίχνευση των βακτηρίων εκχυλίζεται DNA από το δείγμα και πραγματοποιείται έλεγχος για την ύπαρξη του βακτηριακού DNA με την τεχνική Real-time PCR.

Είδος δείγματος: Ιστός περιόδου, τραχηλικό επίχρισμα, ουριθρικό επίχρισμα.

Χρόνος παράδοσης: 3-5 εργάσιμες ημέρες

Βιβλιογραφία:

1. Jalal et al. Molecular epidemiology of selected sexually transmitted infections; 2013; International Journal of Molecular Epidemiology and Genetics; 4(3): 167–174.

Ευρύτερο Κοινό

Οδηγίες Δειγματοληψίας Κορωνοϊού

Κατάλληλα υλικά: Βρογχοκυψελιδικό έκκριμα (BAL), υλικά αναρρόφησης, πτύελα, ρινοφαρρυγγικές ή στοματοφαρυγγικές αναρροφήσεις ή εκπλύματα και ρινοφαρυγγικά ή στοματοφαρυγγικά επιχρίσματα.

Ποιο είναι το κατάλληλο δείγμα για έλεγχο;
Τα δείγματα από το κατώτερο αναπνευστικό σύστημα δηλαδή πτύελα, τραχειακές εκκρίσεις, ή βρογχοκυψελιδικό έκπλυμα, πιθανόν να έχουν υψηλότερη διαγνωστική αξία από τα δείγματα που λαμβάνονται από το ανώτερο αναπνευστικό. Εάν η συλλογή του δείγματος από το κατώτερο αναπνευστικό σύστημα δεν είναι εφικτή, εναλλακτικά, μπορούν να λαμβάνονται δείγματα από το ανώτερο αναπνευστικό σύστημα όπως ρινοφαρυγγικό έκπλυμα ή συνδυασμός ρινοφαρυγγικών και στοματοφαρυγγικών επιχρισμάτων.

Οδηγίες λήψεως κλινικού δείγματος  Το δείγμα πρέπει να ληφθεί εντός τριών ή τεσσάρων ημερών από την έναρξη των συμπτωμάτων και ιδανικά  τις πρώτες 48 ώρες. 

Κλινικό Δείγμα, Μέσον Δειγματοληψίας και Υλικό Μεταφοράς- Οδηγίες Λήψεως Δειγμάτων

Τα  σωληνάρια  με  το  υλικό  συντήρησης  ιών VTM που  παρέχονται  από  τo κέντρο μας φυλάσσονται  σε  θερμοκρασία  δωματίου  πριν  τη  δειγματοληψία. Παρέχονται επίσης στειλεοί με πλαστικό στέλεχος και άκρο polyester. Σε όλες τις περιπτώσεις το στέλεχος του στειλεού που θα χρησιμοποιηθεί πρέπει να είναι πλαστικό και όχι ξύλινο και το βύσμα συνθετικό (όχι βαμβάκι ή calcium alginate). 

  1. Λήψη ρινοφαρυγγικού: Εισάγετε το στειλεό στη μύτη παράλληλα με την υπερώα.
    Αφήνετε το στειλεό για λίγα δευτερόλεπτα για να απορροφήσει τις εκκρίσεις και τον αποσύρετε.
    Βυθίζετε αμέσως το άκρο του στειλεού στο  σωληνάριο  με  το  υλικό  μεταφοράς ιών  και  κατόπιν  σπάζετε  ή  κόβετε  τον  στειλεό  στο  ύψος  του  λαιμού του σωληναρίου, αφήνοντας το άκρο στο σωληνάριο και κλείνετε το σωληνάριο.
  2. Λήψη στοματοφαρυγγικού: Λάβετε δείγμα από το οπίσθιο τοίχωμα του φάρυγγα αποφεύγοντας τη γλώσσα και βάζετε το στειλεό στο υλικό μεταφοράς όπως περιγράφεται παραπάνω Από τον ίδιο ασθενή, μπορείτε να πάρετε δύο κλινικά δείγματα, ήτοι ρινοφαρυγγικό και φαρυγγικό επίχρισμα.Στην περίπτωση αυτή και οι δύο στειλεοί συλλογής, μπορούν να τοποθετηθούν στο ίδιο σωληνάριο μεταφοράς ιών.
  3. Οδηγίες για βρογχοκυψελιδικό έκπλυμα (BAL), εκκρίσεις τραχείας (αναρρόφηση), ρινοφαρυγγικό  έκπλυμα/ εκκρίσεις, ρινικές εκκρίσεις: Συλλέξτε 2-3mL σε αποστειρωμένο κενό σωληνάριο ή μικρό δοχείο (π.χ. συλλογής ούρων).
  4. Οδηγίες για πτύελα: Ο ασθενής ξεπλένει το στόμα του και κάνει γαργάρα με νερό. Ακολούθως αποβάλλει με βαθύ βήχα πτύελα κατευθείαν σε αποστειρωμένο δοχείο κενό (χωρίς υλικό μεταφοράς π.χ. ουροσυλλέκτη).

icon-06